民國二十六年七月七日，蘆溝橋事變爆發，對日本全面抗戰，由軍事委員長蔣中正領導全民長期抗戰，中央政府西遷重慶，體育協會亦隨政府西遷，總幹事沈嗣良因聖約翰大學校務牽絆，未及撤退，幾年來體育協會沒有實際負責人，會務停頓。

　　民國三十年二月一日，張伯苓等在重慶沙坪壩南開中學，召開體育協會董事會，聘董守義為副總幹事，多方奔走，籌集經費，在重慶夫子池新運模範區一三五號辦公，並於五月向社會部備案，批准為社會團體。

　　民國三十一年二月七日召開董事會議，決議將附逆漢奸常務董事褚民誼開除會籍。十月一日召開臨時董事會，依法將董事會改組，原任董事改稱理事，原任名譽董事改稱監事，分別組成理事會及監事會，推張伯苓為理事長，商震為常務監，附設六種委員會，總幹事下設一室三組，社會部核准為特種人民團體，准予組織各省市縣分、支會。十一月在大田灣修建平房兩幢，三十二年一月遷入辦公，董守義以後任代總幹事及總幹事，會務日益展開。

　　對日本抗戰八年，民國三十四年獲得勝利，全國體育協會遷回南京。三十六年體育協會在北京、天津、上海、廣州等地建立了十多個分會，並在南京建國路七號覓得會所辦公。

　　民國三十七年五月第七屆全國運動會在上海舉行，全國體協召開第四次代表大會改選理監事，王正廷當選理事長，但總幹事江良規未就任而改由郝更生擔任。

　　民國三十八年中共竊據大陸，全國體育協會播遷來台，會務停頓近兩年，初由郝更生總幹事代理事長職務，聯絡處設在新竹西門路一百四十七號寓所，後遷租台北市新生南路信義路附近民房內。

　　民國四十三年為籌備參加第二屆亞洲運動會，郝更生出任理事長，江良規任總幹事，體協會遷往台北市開封街、延平南路口之台灣省體育會內辦公。亞運會後又遷到台北市新生南路二段新購會址，並首先成立中華全國籃球委員會，聘請空軍總司令周至柔擔任主任委員，組隊參加第二屆世界杯籃球錦標賽。

　　民國四十五年六月改選，周至柔當選理事長，江良規任總幹事，各種全國性運動委員會陸續成立，並於江良規經營的台北市懷寧街遠東旅行社辦公，組團參加一九五六年在澳洲墨爾本第十六屆奧運會。

　　 民國四十七年周至柔任台灣省主席，改選鄧傳楷任理事長，江良規仍任總幹事，五月組團參加東京第三屆亞洲運動會，籌備期間體育協會遷往台北市立體育場與選手集訓大隊一起辦公。

　　民國四十八年江良規總幹事因病辭職，由林鴻坦繼任，並籌備參加一九六○年美國加州史科谷第八屆冬季奧運會及義大利羅馬第十七屆奧運會。該屆奧運會我因不滿國際奧運硬性規定我代表團必須以『台灣』或『褔爾摩薩』名稱參加，開幕典禮曾持『抗議下』英文字樣白布出場。我十項運動名將楊傳廣奪得銀牌，為我國一九三二年參加奧運會以來，收穫最大的一次。

　　關於參加冬季奧運會，雖獲美國支持與歡迎，惜因先申請加入國際滑雪總會和國際滑冰總會為會員，受政治污染影響遭受刁難，未能及時獲准，致未能正式參加比賽。

　　奧運會後，體育協會由台北市體育場遷到懷寧街租屋辦公，理事長鄧傳楷請辭。民國五十年一月九日理事會推選黃仁霖將軍接任，但黃仁霖不願接受，到二月二十四日體協會又召開理事會推選八十歲的體協會老董事楊森將軍出任理事長，直到六十二年六月七日他已九十二歲才卸下重任，將理事長職務交給黎玉璽將軍。

　　楊森接任理事長提名林鴻坦為總幹事，因當時楊森是中華全國射擊委員會主任委員，在台北市水源路新店溪旁有一幢樓房作辦公室，因此體育協會就搬到全國射擊委員會辦公。

　　五十一年為籌備參加第四屆亞洲運動會，便於集訓，曾洽借台灣大學體育館辦公，後來印尼違反會章，阻止我及以色列參加，遭受國際輿論一致譴責，致本屆未能赴會，亞運會後體育協會又遷回水源路全國射擊委員會。

　　五十二年台北市推行防洪計畫工程，興建堤防，全國射擊委員會樓房被劃在堤防外，認為是障礙物，必須拆除。因為楊森是輪船公司董事長，於是體育協會先遷到羅斯褔路民生輪船公司，不到半月再遷廈門街民生輪船公司的日本式宿舍辦公。